Funkcje oddechowe wkomórce prokariotycznej spełniają drobne twory zwane mezosomami. Są to uwypuklenia błony cytoplazmatycznej i odpowiedniki mitochondriów u Eucaryota. Mezosomy są też miejscem zakotwiczenia nukleoidu, biorą udział także w tworzeniu nowej błony poprzecznej podczas podziału komórki.
U fotosyntetyzujących bakterii wpuklenia, które oderwały się od błony i zawierają barwniki fotosyntetyzujące nazywane są ciałkami chromatoforowymi. Struktury te pełnią funkcję chloroplastów.
W cytoplazmie komórek bakteryjnych mogą też występować wkręty (inkluzje) substancji zapasowych. Materiałem zapasowym bakterii jest glikogen.
