Bakterie są wszechobecne. Zasiedlają środowiska różnych typów – od najwyższych szczytów górskich po oceaniczne głębiny. Spotykamy je w atmosferze, litosferze, hydrosferze i to często w ekstremalnych warunkach lodowców, gorących źródeł czy głębin oceanu. Oczywiście każde środowisko jest zasiedlone przez jemu właściwe formy bakterii. Liczna jest także grupa bakterii, dla których środowiskiem życia są inne organizmy – rośliny lub zwierzęta. To „wszędobylstwo” bakterii wynika między innymi z dużej odporności ich komórek na niekorzystne dla życia warunki.
