Wszystkie bakterie mają stosunkowo prostą budowę komórkową. Nie posiadają jądra komórkowego, chloroplastów, mitochondriów, lizosomów, aparatu Golgiego oraz siateczki śródplazmatycznej, które są charakterystyczne dla komórek eukariotycznych. Komórkowy DNA występuje w cytoplazmie jako gęsto zwinięty kłębek o wyraźnym, lecz nieregularnym zarysie, tworzący w komórce obszar jądropodobny nazywany nukleoidem. Nić DNA stanowi normalną, podwójną spiralę i zamknięta jest w kolistą pętlę, tzn. pozbawiona jest wolnych końców.
Prokariotyczny DNA nie tworzy połączeń z białkami jak to ma miejsce w komórkach Eucaryota. Nazywany jest często „chromosomem bakteryjnym” lub genoforem. DNA może też występować poza nukleoidem, jako niewielkie kuliste cząsteczki plazmidów. Zawarta w nich informacja dotyczy cech dodatkowych komórki, jak odporność na antybiotyki, zdolność do syntezy enzymów i in.
